”Kaiju”-hirviöiden ja niiden kukistamiseksi rakennettujen, ihmisten ohjaamien superrobottien välinen taistelu oli vasta alkusoittoa. Elokuvassa Pacific Rim – Kapina ihmiskunta saa vastaansa todellisen hävityksen aallon.
Jakella (John Boyega, Star Wars: The Force Awakens) on takanaan lupaava ura robottipilottina. Hänen isänsä on jäänyt historian lehdille annettuaan henkensä kaijujen kukistamiseksi. Jake on sittemmin hylännyt pilottikoulutuksen ja luisunut rikoksen poluille. Mutta kun vieläkin voimakkaampi uhka panee koko maapallon polvilleen, Jaken sisko Mako Mori (Rinko Kikuchi), joka johtaa sodan varjossa varttuneita uuden sukupolven pilotteja, etsii Jaken käsiinsä ja antaa tälle viimeisen mahdollisuuden täyttää isänsä saappaat. Ainoa keino oikaista vääryydet on yhdistää kaikki voimat kapinaan tuhon voimia vastaan.
Jake saa rinnalleen lahjakkaan kilpailevan pilotin nimeltä Lambert (Scott Eastwood, The Fate of the Furious) ja 15-vuotiaan robottihakkeri Amaran (uusi tulokas Cailee Spaeny). Nuorista sankareista tulee pian hänen ainoat läheisensä. Yhdessä he ovat valmiita suuntaamaan mahtavat mittasuhteet saavalle seikkailulle.