Tuberkuloosiparantola oli asukkailleen yhtä aikaa taivas ja helvetti samojen seinien sisällä. Epidemian historia sisältää niin kuolemaa, häpeää ja eristystä kuin parantolaromansseja, hauskanpitoa ja selviytymistarinoita. Lentävä kuolema perehtyy kansalliseen tragediaamme, löytäen sieltä yhteisöllisyyttä, lähimmäisenrakkautta ja järjestelmällistä ja sisukasta työtä ihmishenkien pelastamiseksi.
Elokuva vie elävälle matkalle parantoloiden aikaan: Se antaa katsojalle yllätyksiä täynnä olevan parantolakokemuksen, ja dokumentaarisen todistusvoiman avulla vie salaisuuksien äärelle. Lentävä kuolema paljastaa tuberkuloosin unohdetut tarinat ja antaa mahdollisuuden puhua kokemuksista, joista on vaiettu yli 50 vuotta. Lentävä kuolema kulkee kahdessa eri aikatasossa vuorotellen nykyisyyden ja parantola-aikakauden välillä ja kertoo kollektiivisen tarinan yksilötarinoiden sijaan.
Ainutlaatuisissa vuonna 1971 tallennetuissa SKS:n arkiston audionauhoissa kolme potilasta kertovat kokemuksistaan parantolan arjesta. Hahmot ovat iloinen maalaistyttö Enne, synkkyyteen taipuva Tenho ja uskonnollinen vastarakastunut Kalevi. Elokuvassa käytetyt arkistofilmit ja valokuvat ovat valtaosin ennennäkemättömiä.